学院荣誉拥有药学和中药学一级学科硕士点、中药学专业学位硕士点、二级学科博士点。2003年成立温州医学院基础课（分析测试）实验教学示范中心，并在2007年被评为浙江省实验教学示范中心，2010年药学实验教学中心被评为浙江省实验教学示范中心。2005年建立国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地。2006年分别建立基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地、教育部生物反应器与药物开发工程研究中心中试实验室、浙江省浙南特色中药重点实验室；承担中国医药质量管理协